アベンジャーズのメンバーとして戦ってから2年、キャプテン・アメリカはS.H.I.E.L.D.の一員として活動していた。ある日、キャプテン・アメリカとブラック・ウィドウを世界屈指の暗殺者ウィンター・ソルジャーが襲撃。さらにウィンター・ソルジャーの正体は、キャプテン・アメリカの親友で第2次世界大戦で亡くなったバッキー・バーンズで……。