アメリカ国内で市民15人の命が奪われる自爆テロが発生。犯人らがメキシコ経由で不法入国したとにらんだ政府は、国境地帯で密入国ビジネスを仕切る麻薬カルテルを混乱に陥れるという任務を、CIA特別捜査官マット・グレイヴァー（ジョシュ・ブローリン）に命じる。マットは、カルテルに家族を殺された旧知の暗殺者アレハンドロ（ベニチオ・デル・トロ）に協力を要請。麻薬王の娘イサベルを誘拐し、カルテル同士の戦争を誘発しようと企てるが、その極秘作戦は敵の奇襲や米政府の無慈悲な方針変更によって想定外の事態を招き、メキシコの地で孤立を余儀なくされたアレハンドロは、兵士としての任務、復讐、そして人質として保護する少女の命の狭間で、過酷なジレンマに直面することになる……。