スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、グウェンとの関係も好調なピーター。だが、旧友のハリー・オズボーンがニューヨークに戻ってきたのを機に、充足していた生活が微妙に変化していく。そんな折、サイ型パワードスーツを装着したライノ、人間発電機エレクトロという敵が出現。苦闘を強いられる中、追い打ちをかけるように怪人グリーン・ゴブリンとなったハリーが襲い掛かってくる。