カーク船長率いるエンタープライズ号は、未踏の星に不時着した探査船を捜索していた。すると突然、謎の異星人・クラールがエンタープライズ号を襲撃。カークたちは脱出するも、艦は墜落し、クルーは散り散りになってしまう。不時着した見知らぬ惑星で、カークは約100年前に消息を絶ったエディソンが乗艦していたフランクリン号を発見。そこには、あるものが残されていた。