遠いどこかの森にある村で、小さな青い妖精スマーフたちは幸せに暮らしていた。スマーフ村で唯一の女の子・スマーフェットは、自分が他のスマーフたちと何かが違うと感じ始めていた。そんなある日禁断の森でふしぎなスマーフと出会う。そのスマーフのあとを追っていくと、失われた村にたどり着く。そこにはふしぎなスマーフたちが生活をしていた。スマーフェットは自分の仲間なのではないかと考え始める。そんななか、意地悪な魔法使いガーガメルに失われた村の存在を知られてしまう。このままでは、禁断の森に住むふしぎなスマーフたちが危ない！新たな仲間たちを救うため、スマーフェットはヘフティ、クラムジー、ブレイニーと共に禁断の森を目指して旅に出る。