超常現象捜査防衛局のエージェントとして極秘に活動するヘルボーイは、同僚であり恋人でもあるリズとの関係に悩みながら、人類のために魔物退治にあたっていた。ある夜、オークション会場が何者かに襲撃される事件が発生し、ヘルボーイたちは現場に急行して事態を収拾させる。事件の真相を調べるためにニューヨークに向かったヘルボーイたちは、そこではるか昔に人間と争っていたエルフ族とその末裔の存在を知る。