動物と話ができるお医者さんとして有名になった、ドクター・ドリトルは大忙し。そこへ野生のビーバーからSOSが入った。たくさんの動物の住み処である森が破壊されそうだという。森の伐採をやめさせるには、絶滅寸前品種の熊の繁殖地であることを証明しなければならない。そこで、ただ一頭残った野生のメス熊のお婿さん候補を探すのだが、見つかったのは、魚とりも満足にできないサーカス育ちの曲芸熊アーチ―だった。森と動物たちを救うため、何とか2頭の熊をカップルにしようと、ドリトル先生は大奮闘！そして、動物vs人間の対決が迫る！