宇宙の果てにある平和な島で暮らし、砂浜やループコースターを驚異的なスピードで駆け抜けるソニックは、そのスーパーパワーを狙われたため地球に逃げてきていた。10年後、安全に生活していたソニックは、世界征服を企てる悪の天才科学者のドクター・ロボトニック(ジム・キャリー)に目をつけられ、保安官のトム(ジェームズ・マースデン)に救いを求める。