ある日、地球から400km上空を巨大な飛行物体が周回し始めた。人類はこの知的生命体を＜アザーズ＞と呼んだ。ニュースでこの衝撃的事実を知った女子高生のキャシーの平穏な日常は、この日を境に崩れ去って行く―。圧倒的知能を持つ生命体＜アザーズ＞により4度の攻撃を受け、人類の99%が死滅。壊滅状態となった地球で生き残ったキャシーは、人間と見分けのつかない＜アザーズ＞への恐怖に支配されながらも、第5の波を止めるべく彼らの秘密を探り始めるが―。