海を漂流し流れ着いたところを、剣術の師匠である比古清十郎に助けられた緋村剣心。その後剣心は、山中で居を構え陶器作りに励む師匠に対し、飛天御剣流の奥義を教えてほしいと懇願する。一方、甲鉄艦・煉獄に搭載した大砲で一つの村を襲撃した志々雄真実は、政府に対して剣心を指名手配し捕らえて処刑するように求める。