シリーズの人気キャラクターでもある漆黒の忍者スネークアイズを主人公に、マスクで顔を隠し謎に包まれたスネークアイズがいかに誕生したかを描く。日本の闇の組織からある男の命を救ったスネークアイズは、秘密忍者組織「嵐影」への入門を許可される。600年にわたり日本の平和を守ってきた嵐影だったが、悪の抜け忍組織と国際テロ集団「コブラ」の連合軍による攻撃にさらされ、危機に瀕していた。スネークアイズは嵐影の3つの試練を乗り越え真の忍者となり、世界を守るため戦う。