最強の暗殺者を生み出すCIAの極秘プログラム、トレッドストーン計画とブラックブライアー計画。その最高傑作として生み出されたジェイソン・ボーンが、失った記憶を追い求めながら、自身の人生を大きく狂わせた同計画を白日のもとにさらそうと、CIAとの戦いに挑んでいた。その裏で、ボーンと匹敵する能力を秘めた暗殺者アーロン・クロスを巻き込むようにして、さらなる戦いと陰謀が動き出していく。そして、CIA上層部ですら認知していない2つの計画を上回るプログラムの存在があった。