第1作目から約10年後の惑星パンドラでのジェイクとネイティリの子供たちからなる家族の物語。一家は神聖なる森を追われ海の部族に助けを求めるが、その楽園のような海辺の世界にも人類の侵略の手が迫っていた・・・。