天正9年、織田信長率いる軍勢によって伊賀の全土は焼き払われ、大勢が虐殺される運命に。それから10年後、辛うじて生き残り、山奥で隠遁生活を送っていた伊賀忍者のひとり、葛籠重蔵は、堺の豪商・今井宗久から密命を受け、織田亡き後に時の権力者となった豊臣秀吉の暗殺計画に乗り出す。それを阻止すべく彼の前に立ちはだかったのは、かつては仲間だったが今や伊賀ではなくなり、武士として出世を望む風間五平だったが……？