シーザーが主導した人間への反乱は、最終的に核戦争へと発展し、地球の支配者は人間から猿に移り変わった。2003年、シーザーは原野に新たな集落を築き、人間を召使としてだが共存して暮らしていた。補佐役である人間のマクドナルドは人間と猿の対等な関係を求めるが、シーザーは過去の経緯から人間の解放に慎重な態度をとっていた。ある日、シーザーは「死んだ両親の記録が壊滅した都市に保管されている」とマクドナルドから聞き、マクドナルドとヴァージルを連れて核戦争で壊滅した都市に向かう。