アメリカ大統領直属のエージェントのレオンは、機密情報を握るアントニオ・テイラーを拉致した武装集団の車両を追っていた。だが突如現れた謎の女の妨害に遭い、犯人たちを取り逃がしてしまう。 一方、対バイオテロ組織「B.S.A.A.」のクリスは、サンフランシスコを中心に起きている、感染経路不明のゾンビ発生事件を担当していた。 調査の結果、ウィルスの被害者全員がある場所を訪れていたことを突き止める。 そこは、かつて刑務所として使用されていた監獄島・アルカトラズだ。