モアナが壮大な冒険の末に故郷の島を救ってから3年。妹シメアが生まれて少し大人になったモアナは、愛する家族や島の仲間たちに囲まれながら、以前は禁じられていた海へと航海に繰り出す日々を送っていた。そんなある日、「かつて人々は海でつながっていたが、人間を憎む神によって引き裂かれてしまった。海の果てにある島にたどり着けば呪いが解け、世界は再びひとつになる」という伝説を知ったモアナは、人々の絆を取り戻すため立ちあがることを決意。風と海を司る半神半人のマウイや島の新たな仲間たちとともに、危険に満ちた冒険の旅に出る。