反SPEC主義者の有力者たちによる国際会議上で、SPECホルダーを全滅させる陰謀《シンプルプラン》が実行に移されようとしていた。だが日本代表者《卑弥呼》は計画の中止を訴え、反対する出席者をSPECによって消し去ってしまう。一方、上司の野々村が単独でシンプルプランの阻止に動いていた事実を知った当麻は、封印する自らのSPECを使おうとする一方でその暴走におびえ、SPECに頼る自分の矛盾に苦悩する。