怪鳥ギャオスが世界各地に出現し、人類に深刻な被害をもたらす。そんな中、東京・渋谷にギャオスが飛来し、それを追ってガメラも現われ、両者の戦いで渋谷の街は壊滅する。一方、かつてのガメラとギャオスの闘いで両親を失い、現在も激しくガメラを憎む少女・綾奈は、奈良の禁域の森のほこらで、奇妙な卵を発見。やがて卵からは不思議な生物が誕生し、綾奈はそれを“イリス”と名付けてひそかに育てるが、イリスは急速に成長する。