クッパの前回の「ピーチ姫との結婚計画」を阻止したマリオとルイージだったが、今度は新たな脅威としてクッパ Jr.が立ちはだかる。彼は捕らわれた父を解放し、一族の栄光を取り戻そうと決意していた。兄弟は新旧の仲間たちとともに星々を巡り、若き後継者の野望を止めるため旅立つ。