青年へと成長したアナキン・スカイウォーカーはオビ＝ワン・ケノービの指導の下、フォースの力を習得し優秀なジェダイの騎士となるべく修行に励んでいた。その頃、銀河元老院では、ドゥークー伯爵の画策により、数百もの惑星が一斉に共和国からの脱退を宣言する。これにより、ジェダイだけでは銀河を統治できないと判断した元老院では、クローン軍隊の是非を問う重要な投票が行われようとしていた。この会議に出席するため惑星コルサントに向かっていたナブーの元女王アミダラは、途中で何者かに命を狙われる。オビ＝ワンとアナキンはこの事件の調査のためナブーへと派遣されるのだったが…。