13歳の魔女キキは、古い一族の掟に従い、黒猫ジジと修業の旅に出る。そして、海辺の大きな街で修行をすることに。箒で飛ぶ以外に能がないのキキは、空飛ぶ宅急便を始める。しかし、最初の仕事でいきなり荷物を無くしてしまう……。