両親を亡くし孤児となった10歳の少年ルイスは、魔法使いの伯父ジョナサンが住む古い屋敷に引っ越す。ほどなくしてルイスは、ジョナサンより優れた力を持った魔女である隣人のツィマーマンとも知り合いになり、彼らは同じ屋根の下で暮らすことになる。しかしある日、ルイスは屋敷の中に世界を破滅に導く邪悪な力を持つ時計が隠されていることを知り、二人と力を合わせて時計を見つけ出すべく奮闘する