カナダで人目を避けるように暮らすウルヴァリンことローガンは、以前命を救ったことのある日本人実業家・矢志田からの願いで、彼の部下ユキオと共に日本へと向かう。不敵なまなざしを向ける矢志田の息子シンゲンに迎えられ、病身の矢志田と再会したローガンは彼から謎めいた言葉を告げられる。ほどなくして亡くなった矢志田の葬儀が執り行われるが、そこをギャングたちが襲撃。ローガンは矢志田の孫娘・マリコを連れ、その混乱から逃げ出す。