CIAの“トレッドストーン計画”のもとで失った記憶をすべて取り戻した、元CIAのボーンが消息を絶ってから長い年月がたつ。彼の元同僚ニッキーはハッカー集団と手を組み、CIAから極秘情報を盗み出していた。CIA長官デューイはニッキーの足取りを追い、ニッキーがボーンと再会しようとしているギリシャに凄腕暗殺者アセットを送り込む。一方、ニッキーはボーンにCIAで進行中の“アイアンハンド計画”について明かす。