19世紀末、アフリカで隠遁生活を送っていたアラン・クォーターメインは英国からの要請を受けて帰国を果たす。ロンドンでは“M”を名乗る人物によって、国際的な武器密輸組織を率いる仮面の男ファントムを逮捕するため「超人同盟」の会合が開かれていた。ファントムの組織に襲撃を受けた超人同盟は、米国スパイのトム・ソーヤーを加えてこれを撃退しファントムを追跡する。