2259年、USSエンタープライズのカーク船長は、ある任務で重大な規律違反をしてしまい、船長から副官に降格してしまう。そんなある日、ロンドンでテロ事件を起こした犯人ハリソンがサンフランシスコにある宇宙艦隊の本部をも襲撃する事件が。ハリソンが人類と敵対するクリンゴン人が支配する惑星クロノスに逃亡したため、USSエンタープライズは同惑星へ。カークは再び船長になるが乗組員たちと意見が分かれる局面が続く。