フラッシュが“過去“を変えた影響で、現在に歪みをもたらしてしまい、かつてスーパーマンが倒したはずの敵（ゾッド将軍）が大軍勢を率いて襲来、地球植民地化を進めようと破壊の限りを尽くし大ピンチに！？