ゴジラシリーズ第17作、「平成シリーズ」第2作（実際に平成になって制作されたのは本作が初）。 1984年、ゴジラに襲撃された新宿で、その被災現場からゴジラ細胞（G細胞）を密かに盗み出した者がいた。中東サラジア国のエージェントである。その国では遺伝子工学の権威・白神博士がG細胞の研究を行っていたのだ。だが“バイオ・メジャー”と名乗る集団に研究所は破壊され、博士は一人娘の英理加を失ってしまう。一方、ゴジラ襲来から5年後の現在、幼い子供たちがゴジラ復活を予言するような夢を見続けている事が判明する。三原山内において再び活動を開始したゴジラに備え、政府は核を制御する抗核バクテリアの研究を白神博士に依頼する。しかし博士は、亡き娘の細胞が埋め込まれたバラと、ゴジラ細胞を融合させ、ビオランテを生み出してしまう。時を同じくし、ついにゴジラが覚醒。ゴジラとビオランテの激闘が始まる！