イーサン・ハントとチームは、世界中の諜報ネットワークに侵入した恐るべきAI「エンティティ」の捜索を続ける。世界各国の政府と、ハントの過去にまつわる謎の亡霊が彼らを追っている。新たな仲間と合流し、エンティティを永久に停止させる手段を手にしたハントは、私たちが知っている世界が永遠に変わってしまうのを防ぐため、時間との戦いに挑む。